Depois de ter dominado as três sessões de treinos livres anteriores, e dado também o andamento que já havia evidenciado ao longo da pré-temporada, Stoner era apontado como o mais forte candidato à pole position para a corrida qatari, apenas contando com a oposição do seu companheiro de equipa, Dani Pedrosa. E foi entre estes dois que se decidiu a sessão de qualificação, embora pertencesse a Stoner a maior fatia do tempo colocado na primeira posição.
No final, o seu registo de 1.54,137s foi o suficiente para alcançar a pole, cerca de dois décimos na frente de Pedrosa. Atrás deste ficou o campeão do mundo na melhor das Yamaha, embora o seu melhor tempo tenha ficado a cerca de 0,8 segundos da frente, demonstrando assim que salvo qualquer surpresa a luta pelo triunfo será a dois.
Marco Simoncelli também esteve em muito bom plano com a Honda da Gresini, conseguindo o quarto melhor tempo, ao passo que Ben Spies alcançou o quinto lugar da grelha, logo na frente de Hector Barberá, que foi o melhor dos representantes da Ducati, embora da equipa Aspar. Andrea Dovizioso colocou a terceira Honda oficial no sétimo posto, na frente de Cal Crutchlow (Tech3 Yamaha).
Valentino Rossi teve uma estreia oficial pouco auspiciosa, não indo além do nono posto na grelha de partida, a 1,5 segundos exatos da frente, o que levanta algumas questões acerca da competitividade das Ducati oficiais, tanto mais que Nicky Hayden foi apenas 13º. Colin Edwards, da Tech3, encerrou o leque dos dez melhores.
Na classe Moto2, Stefan Bradl foi o mais rápido, conquistando a sua primeira pole da carreira, com uma volta em 2.00,168s, deixando o campeão do Mundo de 125cc, Marc Márquez (Team CatalunyaCaixa Repsol), no segundo posto a 0,207s. Thomas Lüthi (Interwetten Paddock Moto2) foi o terceiro melhor, na frente de Yuki Takahashi (Gresini Racing).
1 Casey STONER Repsol Honda Team Honda 1.54,1372 Dani PEDROSA Repsol Honda Team Honda 0.205 / 0.205
3 Jorge LORENZO Yamaha Factory Racing Yamaha 0.810 / 0.605
4 Marco SIMONCELLI San Carlo Honda Gresini Honda 0.851 / 0.041
5 Ben SPIES Yamaha Factory Racing Yamaha 0.958 / 0.107
6 Hector BARBERA Mapfre Aspar Team MotoGP Ducati 1.086 / 0.128
7 Andrea DOVIZIOSO Repsol Honda Team Honda 1.092 / 0.006
8 Cal CRUTCHLOW Monster Yamaha Tech 3 Yamaha 1.441 / 0.349
9 Valentino ROSSI Ducati Team Ducati 1.500 / 0.059
10 Colin EDWARDS Monster Yamaha Tech 3 Yamaha 1.510 / 0.010
11 Randy DE PUNIET Pramac Racing Team Ducati 1.519 / 0.009
12 Hiroshi AOYAMA San Carlo Honda Gresini Honda 1.587 / 0.068
13 Nicky HAYDEN Ducati Team Ducati 1.744 / 0.157
14 Loris CAPIROSSI Pramac Racing Team Ducati 2.186 / 0.442
15 Karel ABRAHAM Cardion AB Motoracing Ducati 2.528 / 0.342
16 Toni ELIAS LCR Honda MotoGP Honda 3.855 / 1.327
