O facto de ter sido reduzido a zero o tempo que os pilotos rodaram nos treinos livres em Motegi devido ao nevoeiro, isso prejudicou fortemente a equipa Mahindra, já ao estrear-se nesta pista não tinha referências para as afinações base das suas motos. O pelotão teve pela frente um grande desafio, já que não rodou na pista uma única vez antes da Qualificação. Dessa forma, Miguel Oliveira foi apenas 18º e Efran Vazquez, 21º. Lá na frente, Alex Rins assegurou a pole position para o Grande Prémio do Japão, com o piloto da Estrella Galicia 0,0 a garantir a primeira posição da grelha pela sétima vez este ano
Qualificação
1º Alex RINS Estrella Galicia 0,0 KTM 2’09.387
2º Maverick VIÑALES Team Calvo KTM 0.923 / 0.923
3º Alex MARQUEZ Estrella Galicia 0,0 KTM 0.926 / 0.003
4º Luis SALOM Red Bull KTM Ajo KTM 1.269 / 0.343
5º Jack MILLER Caretta Technology – RTG FTR Honda 1.284 / 0.015
6º Isaac VIÑALES Ongetta-Centro Seta FTR Honda 1.494 / 0.210
7º Niccolò ANTONELLI GO&FUN Gresini Moto3 FTR Honda 1.624 / 0.130
8º Hiroki ONO Honda Team Asia Honda 1.670 / 0.046
9º Jonas FOLGER Mapfre Aspar Team Moto3 Kalex KTM 1.836 / 0.166
10º Sena YAMADA Team Plus One & Endurance Honda 2.131 / 0.295
11º Jasper IWEMA RW Racing GP Kalex KTM 2.257 / 0.126
12º Hyuga WATANABE La Fonte Tascaracing FTR Honda 2.332 / 0.075
13º Zulfahmi KHAIRUDDIN Red Bull KTM Ajo KTM 2.406 / 0.074
14º Toni FINSTERBUSCH Kiefer Racing Kalex KTM 2.567 / 0.161
15º Brad BINDER Ambrogio Racing Mahindra 2.586 / 0.019
16º Jakub KORNFEIL Redox RW Racing GP Kalex KTM 2.703 / 0.117
17º Niklas AJO Avant Tecno KTM 2.849 / 0.146
18º Miguel OLIVEIRA Mahindra Racing Mahindra 2.900 / 0.051
19º Arthur SISSIS Red Bull KTM Ajo KTM 2.948 / 0.048
20º Alexis MASBOU Ongetta-Rivacold FTR Honda 2.988 / 0.040
21º Efren VAZQUEZ Mahindra Racing Mahindra 2.995 / 0.007
22º John MCPHEE Caretta Technology – RTG FTR Honda 3.081 / 0.086
23º Luca GRUENWALD Kiefer Racing Kalex KTM 3.158 / 0.077
24º Lorenzo BALDASSARRI GO&FUN Gresini Moto3 FTR Honda 3.190 / 0.032
25º Livio LOI Marc VDS Racing Team Kalex KTM 3.208 / 0.018
26º Romano FENATI San Carlo Team Italia FTR Honda 3.806 / 0.598
27º Alan TECHER CIP Moto3 TSR Honda 4.512 / 0.706
28º Hafiq AZMI La Fonte Tascaracing FTR Honda 4.620 / 0.108
29º Luca AMATO Ambrogio Racing Mahindra 4.630 / 0.010
30º Matteo FERRARI Ongetta-Centro Seta FTR Honda 4.792 / 0.162
31º Eric GRANADO Mapfre Aspar Team Moto3 Kalex KTM 5.319 / 0.527
32º Philipp OETTL Interwetten Paddock Moto3 Kalex KTM 7.277 / 1.958
33º Juanfran GUEVARA CIP Moto3 TSR Honda 8.051 / 0.774
34º Francesco BAGNAIA San Carlo Team Italia FTR Honda 8.679 / 0.628
Ana CARRASCO Team Calvo KTM 9.344 / 0.665
