Esperava-se uma qualificação bastante disputada e foi isso mesmo que aconteceu no circuito de Losail, sob as luzes artificiais, com Lorenzo a conseguir superiorizar-se a todos os seus adversários e a conseguir a pole com uma volta em 1.54,634s, deixando Stoner, da Repsol Honda, a 0,221s.
Nas duas posições seguintes ficaram mais duas Yamaha, com Cal Crutchlow a conseguir uma grande prestação e a obter o terceiro melhor tempo na moto da Tech3, este a 0,388s, enquanto Ben Spies foi o quarto, não obstante uma queda já perto do final da sessão. Spies ficou a mais de oito décimos da frente, deixando atrás de si o melhor representante da Ducati, que foi Nicky Hayden, a pouco mais de um segundo da frente.
Andrea Dovizioso, na segunda moto da Tech3, conseguiu a sexta posição da grelha, ficando logo à frente de Dani Pedrosa, na segunda Honda oficial, para já a desiludir de certa forma ao ficar longe do seu companheiro de equipa. Hector Barberá foi o oitavo, aos comandos da Ducati da Pramac, com Stefan Bradl (LCR Honda) e Karel Abraham (Cardion AB Motoracing) a completarem a lista dos dez primeiros.
Alvaro Bautista foi o 11º com a Honda da San Carlo Gresini, ao passo que Valentino Rossi foi apenas o 12º, sendo amplamente batido por Hayden e perspetivando-se mais uma prova complicada para o italiano. Na posição imediatamente a seguir colocou-se o melhor dos pilotos aos comandos de motos CRT, neste caso Colin Edwards, que venceu o seu duelo pessoal com Randy de Puniet.
1 Jorge LORENZO Yamaha Factory Racing Yamaha 1.54,634s
2 Casey STONER Repsol Honda Team Honda 0.221 / 0.221
3 Cal CRUTCHLOW Monster Yamaha Tech 3 Yamaha 0.388 / 0.167
4 Ben SPIES Yamaha Factory Racing Yamaha 0.878 / 0.490
5 Nicky HAYDEN Ducati Team Ducati 1.003 / 0.125
6 Andrea DOVIZIOSO Monster Yamaha Tech 3 Yamaha 1.224 / 0.221
7 Dani PEDROSA Repsol Honda Team Honda 1.271 / 0.047
8 Hector BARBERA Pramac Racing Team Ducati 1.349 / 0.078
9 Stefan BRADL LCR Honda MotoGP Honda 1.429 / 0.080
10 Karel ABRAHAM Cardion AB Motoracing Ducati 1.564 / 0.135
11 Alvaro BAUTISTA San Carlo Honda Gresini Honda 1.887 / 0.323
12 Valentino ROSSI Ducati Team Ducati 2.179 / 0.292
13 Colin EDWARDS NGM Mobile Forward Racing Suter 3.010 / 0.831
14 Randy DE PUNIET Power Electronics Aspar ART 3.632 / 0.622
15 Aleix ESPARGARO Power Electronics Aspar ART 3.886 / 0.254
16 Yonny HERNANDEZ Avintia Blusens BQR-FTR 4.161 / 0.275
17 Michele PIRRO San Carlo Honda Gresini FTR 4.451 / 0.290
18 Mattia PASINI Speed Master ART 4.561 / 0.110
19 Danilo PETRUCCI Came IodaRacing Project Ioda 5.030 / 0.469
20 Ivan SILVA Avintia Blusens BQR-FTR 5.859 / 0.829
21 James ELLISON Paul Bird Motorsport ART 6.123 / 0.264
