A queda da chuva obrigou mesmo a interrupção da sessão por alguns momentos, com Pedrosa a situar-se na primeira posição, ao passo que Stoner não ia além do nono posto. Contudo, com a vinda do sol, a pista começou a secar e Stoner deu o máximo na sua última volta para fazer uma volta em 1.33,713s.
Pedrosa ficou em segundo, a 0,115s, ao passo que Jorge Lorenzo, da Yamaha, ficou na terceira posição, não tendo conseguido igualar o ritmo das Honda oficiais. Na quarta posição cotou-se uma das figuras da tarde: Stefan Bradl, da LCR Honda MotoGP, esteve em muito bom nível e alcançou a quarta posição, naquela que é a sua melhor prestação de qualificação na categoria rainha.
Em quinto ficou Cal Crutchlow (Monster Yamaha Tech 3), deixando Ben Spies (Yamaha) na sexta posição e o seu companheiro de equipa, Andrea Dovizioso, em sétimo. Álvaro Bautista (San Carlo Honda Gresini) foi oitavo, na frente das duas Ducati oficiais de Nicky Hayden e Valentino Rossi.
1 Casey STONER Repsol Honda Team Honda 1.33,713
2 Dani PEDROSA Repsol Honda Team Honda 0.115 / 0.115
3 Jorge LORENZO Yamaha Factory Racing Yamaha 0.288 / 0.173
4 Stefan BRADL LCR Honda MotoGP Honda 0.322 / 0.034
5 Cal CRUTCHLOW Monster Yamaha Tech 3 Yamaha 0.773 / 0.451
6 Ben SPIES Yamaha Factory Racing Yamaha 0.931 / 0.158
7 Andrea DOVIZIOSO Monster Yamaha Tech 3 Yamaha 0.985 / 0.054
8 Alvaro BAUTISTA San Carlo Honda Gresini Honda 1.009 / 0.024
9 Nicky HAYDEN Ducati Team Ducati 1.038 / 0.029
10 Valentino ROSSI Ducati Team Ducati 1.344 / 0.306
11 Hector BARBERA Pramac Racing Team Ducati 1.576 / 0.232
12 Randy DE PUNIET Power Electronics Aspar ART 2.117 / 0.541
13 Aleix ESPARGARO Power Electronics Aspar ART 2.294 / 0.177
14 Michele PIRRO San Carlo Honda Gresini FTR 2.934 / 0.640
15 Mattia PASINI Speed Master ART 3.230 / 0.296
16 Danilo PETRUCCI Came IodaRacing Project Ioda 3.254 / 0.024
17 Karel ABRAHAM Cardion AB Motoracing Ducati 3.397 / 0.143
18 Yonny HERNANDEZ Avintia Blusens BQR 3.478 / 0.081
19 James ELLISON Paul Bird Motorsport ART 3.568 / 0.090
20 Ivan SILVA Avintia Blusens BQR 3.841 / 0.273
21 Colin EDWARDS NGM Mobile Forward Racing Suter 4.592 / 0.751
