Com uma volta em 1.21,681s, Stoner mostrou estar com a sua confiança intacta após a queda no primeiro dia de treinos, deixando Pedrosa a ficar a 0,252s, com o jovem espanhol a mostrar também que está cada vez melhor em termos físicos.
Jorge Lorenzo impediu que as motos da Honda ficassem nas três primeiras posições, pois na sua última tentativa saltou para o terceiro posto, escassos milésimos de Pedrosa. De facto, a diferença entre o segundo e quarto, que foi Marco Simoncelli (San Carlo Gresini Honda), foi de apenas 0,021s, mostrando grande equilíbrio atrás do australiano.
Ben Spies foi o quinto melhor com a segunda Yamaha oficial, ficando na frente de Andrea Dovizioso (Repsol Honda), Colin Edwards (Tech3 Yamaha) e de Nicky Hayden, que foi o melhor das Ducati, no oitavo posto.
Por outro lado, a qualificação de Valentino Rossi foi bastante má, pois o piloto italiano não foi além da 16ª posição na grelha, mostrando assim as grandes dificuldades que sente com a sua Ducati GP12.
O top 10 ficou completo com as presenças de Randy de Puniet (Pramac Racing) e Alvaro Bautista (Rizla Suzuki).
