Ao longo da sessão de qualificação, Dovizioso demonstrou sempre ter uma máquina bastante competitiva, figurando no topo da tabela de tempos ao longo da maior parte do ensaio. A cerca de cinco minutos do final, Casey Stoner (Ducati) ainda roubou a Dovizioso o primeiro posto, mas este respondeu de imediato e colocou-se de novo na frente, com uma volta em 1.47,001s.
Atrás de Dovizioso estará outro italiano, com Valentino Rossi a conseguir na sua ultima tentativa registar um tempo que lhe deu o segundo lugar da grelha com a sua Yamaha. Esta é a primeira vez que Rossi parte da primeira linha da grelha desde a pole conquistada em Le Mans, em Maio. O campeão do Mundo ficou a apenas 0,054s do piloto da Honda. A fechar a primeira linha depois de ter lutado pela melhor posição nos momentos finais da qualificação ficou Casey Stoner, quedando-se a cerca de um décimo de segundo de Dovizioso.
Logo atrás deste trio ficou o líder do campeonato e quase campeão, Jorge Lorenzo. O piloto da Yamaha fica de fora da primeira linha pela primeira vez neste ano, se bem que esse facto não deva preocupara o espanhol, mais motivado para conseguir uma boa prestação na corrida e acercar-se do seu primeiro cetro na modalidade rainha do motociclismo.
Colin Edwards (Monster Yamaha Tech 3) igualou a sua melhor qualificação da época com o quinto posto, logo na frente do seu companheiro de equipa Ben Spies, também ele em grande forma num circuito que desconhecia por completo. Randy de Puniet (LCR Honda) foi o sétimo melhor (apesar de duas quedas ao longo da qualificação), ficando na frente de Marco Simoncelli (San Carlo Honda Gresini Team) e dos dois pilotos da Rizla Suzuki, Álvaro Bautista e Loris Capirossi.
Abaixo do esperado ficou Nicky Hayden na segunda Ducati, nao indo além do 11º posto da grelha, ao passo que também Hiroshi Aoyama (Interwetten Honda) não conseguiu repetir a competitividade mostrada na sessão de ontem quedando-se pelo 14º lugar da grelha. O piloto está, no entanto, confiante numa boa prestação na corrida em frente aos seus adeptos.
Julián Simón e Marc Márquez em destaque na Moto2 e 125cc
Na Moto2, a pole position foi para Julián Simón, que assim vai partir da primeira posição pela segunda vez neste ano de 2010. O piloto da Mapfre Aspar conseguiu uma volta em 1.53,008s em redor do traçado de Motegi, batendo por 0,284s Scott Redding (Marc VDS Racing Team), também ele em bom momento de forma.
Yuki Takahashi (Tech 3) ficou no terceiro posto, a 0,147s da frente, enquanto o líder do campeonato Toni Elías (Gresini Racing) fechou a lista dos quatro primeiros com um tempo conseguido na sua última volta e que o deixou com três milésimos de margem sobre Claudio Corti. O italiano da Forward Racing lidera a segunda linha, à frente de Alex de Angelis (JiR Moto2), Karel Abraham (Cardion AB Motoracing) e Stefan Bradl (Viessmann Kiefer Racing).
Nas 125cc, voltou a ser Marc Márquez o mais rápido, prosseguindo com o seu impressionante pecúlio de poles em 2010, com a de Motegi a figurar como a nona pole da temporada. No circuito japonês, a melhor volta de Márquez (1.58,030s) deixou-o com uma vantagem de 0,417s sobre o líder do campeonato, Nico Terol, o único piloto a par de Márquez a rodar no segundo 58.
O seu companheiro de equipa na Bancaja Aspar, Bradley Smith, ficou em terceiro a 0,996s da pole, ao passo que Sandro Cortese (Avant Mitsubishi Ajo) completa a primeira linha da grelha. Na frente da segunda linha da grelha e em casa vai estar Tomoyoshi Koyama (Racing Team Germany), com Esteve Rabat (Blusens-STX) em sexto. A braços com problemas na sua moto, Pol Espargaró não foi além do sétimo tempo, ficando na frente da surpresa Simone Grotzkyj (Fontana Racing), que conseguiu a melhor qualificação da carreira.
MotoGP
1 Andrea DOVIZIOSO Repsol Honda Team Honda 1.47,001
2 Valentino ROSSI Fiat Yamaha Team Yamaha 1.47,055
3 Casey STONER Ducati Team Ducati 1.47.105
4 Jorge LORENZO Fiat Yamaha Team Yamaha 1.47,206
5 Colin EDWARDS Monster Yamaha Tech 3 Yamaha 1.47,464
6 Ben SPIES Monster Yamaha Tech 3 Yamaha 1.47,648
7 Randy DE PUNIET LCR Honda MotoGP Honda 1.47,752
8 Marco SIMONCELLI San Carlo Honda Gresini Honda 1.47,914
9 Alvaro BAUTISTA Rizla Suzuki MotoGP Suzuki 1.48,002
10 Loris CAPIROSSI Rizla Suzuki MotoGP Suzuki 1.48,068
11 Nicky HAYDEN Ducati Team Ducati 1.48,182
12 Marco MELANDRI San Carlo Honda Gresini Honda 1.48,238
13 Aleix ESPARGARO Pramac Racing Team Ducati 1.48,371
14 Hiroshi AOYAMA Interwetten Honda MotoGP Honda 1.48,396
15 Hector BARBERA Paginas Amarillas Aspar Ducati 1.48,535
16 Mika KALLIO Pramac Racing Team Ducati 1.49,480
Moto2
1 Julian SIMON Mapfre Aspar Team Suter 1.53,008
2 Scott REDDING Marc VDS Racing Team Suter 1.53,292
3 Yuki TAKAHASHI Tech 3 Racing Tech 3 1.53,439
4 Toni ELIAS Gresini Racing Moto2 Moriwaki 1.53,504
5 Claudio CORTI Forward Racing Suter 1.53,507
6 Alex DE ANGELIS JIR Moto2 Motobi 1.53,545
7 Karel ABRAHAM Cardion AB Motoracing FTR 1.53,561
8 Stefan BRADL Viessmann Kiefer Racing Suter 1.53,591
9 Yonny HERNANDEZ Blusens-STX BQR-Moto2 1.53,601
10 Andrea IANNONE Fimmco Speed Up Speed Up 1.53,747
11 Roberto ROLFO Italtrans S.T.R. Suter 1.53,817
12 Dominique AEGERTER Technomag-CIP Suter 1.53,830
13 Jules CLUZEL Forward Racing Suter 1.53,920
14 Fonsi NIETO Holiday Gym G22 Moriwaki 1.53,929
15 Alex BALDOLINI Caretta Technology Race Dept I.C.P. 1.53,954
16 Thomas LUTHI Interwetten Moriwaki Moto2 Moriwaki 1.53,961
17 Raffaele DE ROSA Tech 3 Racing Tech 3 1.54,070
18 Simone CORSI JIR Moto2 Motobi 1.54,252
19 Mike DI MEGLIO Mapfre Aspar Team Suter 1.54,363
20 Sergio GADEA Tenerife 40 Pons Pons Kalex 1.54,390
21 Kenny NOYES Jack & Jones by A.Banderas Promoharris 1.54,417
22 Ratthapark WILAIROT Thai Honda PTT Singha SAG Bimota 1.54,498
23 Michael RANSEDER Vector Kiefer Racing Suter 1.54,504
24 Hector FAUBEL Marc VDS Racing Team Suter 1.54,529
25 Yusuke TESHIMA FCC TSR TSR 1.54,565
26 Alex DEBON Aeroport de Castello – Ajo FTR 1.54,596
27 Shogo MORIWAKI Moriwaki Racing Moriwaki 1.54,631
28 Gabor TALMACSI Fimmco Speed Up Speed Up 1.54,645
29 Axel PONS Tenerife 40 Pons Pons Kalex 1.54,837
30 Kazuki WATANABE Racing Team Germany Suter 1.55,413
31 Anthony WEST MZ Racing Team MZ-RE Honda 1.55,544
32 Valentin DEBISE WTR San Marino Team ADV 1.55,548
33 Ferruccio LAMBORGHINI Matteoni Racing Moriwaki 1.55,955
34 Ricard CARDUS Maquinza-SAG Team Bimota 1.56,139
35 Robertino PIETRI Italtrans S.T.R. Suter 1.56,148
36 Mashel AL NAIMI Blusens-STX BQR-Moto2 1.56,280
37 Joan OLIVE Jack & Jones by A.Banderas Promoharris 1.56,445
38 Yannick GUERRA Holiday Gym G22 Moriwaki 1.56,474
39 Vladimir IVANOV Gresini Racing Moto2 Moriwaki 1.56,624
40 Hiromichi KUNIKAWA Bimota – M Racing Bimota 1.56,849
41 Kouki TAKAHASHI Burning Blood RT RBB 1.57,115
125cc
1 Marc MARQUEZ Red Bull Ajo Motorsport Derbi 1.58,030
2 Nicolas TEROL Bancaja Aspar Team Aprilia 1.58,447
3 Bradley SMITH Bancaja Aspar Team Aprilia 1.59,026
4 Sandro CORTESE Avant Mitsubishi Ajo Derbi 1.59,102
5 Tomoyoshi KOYAMA Racing Team Germany Aprilia 1.59,209
6 Esteve RABAT Blusens-STX Aprilia 1.59,660
7 Pol ESPARGARO Tuenti Racing Derbi 1.59,873
8 Simone GROTZKYJ Fontana Racing Aprilia 1.59,991
9 Alberto MONCAYO Andalucia Cajasol Aprilia 2.00,177
10 Efren VAZQUEZ Tuenti Racing Derbi 2.00,249
11 Jonas FOLGER Ongetta Team Aprilia 2.00,345
12 Randy KRUMMENACHER Stipa-Molenaar Racing GP Aprilia 2.00,595
13 Danny WEBB Andalucia Cajasol Aprilia 2.00,634
14 Luis SALOM Stipa-Molenaar Racing GP Aprilia 2.01,015
15 Adrian MARTIN Aeroport de Castello – Ajo Aprilia 2.01,083
16 Danny KENT Lambretta Reparto Corse Lambretta 2.01,109
17 Takehiro YAMAMOTO Team Nobby Honda 2.01,285
18 Johann ZARCO WTR San Marino Team Aprilia 2.01,411
19 Marco RAVAIOLI Lambretta Reparto Corse Lambretta 2.01,660
20 Jakub KORNFEIL Racing Team Germany Aprilia 2.01,684
21 Marcel SCHROTTER Interwetten Honda 125 Honda 2.01,763
22 Jasper IWEMA CBC Corse Aprilia 2.02,071
23 Louis ROSSI CBC Corse Aprilia 2.02,240
24 Sturla FAGERHAUG AirAsia – Sepang Int. Circuit Aprilia 2.02,309
25 Sasuke SHINOZAKI Team Tec2 Yamaha 2.02,521
26 Hikari OOKUBO 18 Garage Racing Team Honda 2.02,816
27 Zulfahmi KHAIRUDDIN AirAsia – Sepang Int. Circuit Aprilia 2.03,316
28 Syunya MORI Racing Sayama Honda 2.03,592
29 Lorenzo SAVADORI Matteoni Racing Aprilia 2.04,109
30 Yuma YAHAGI Endurance Honda 2.04,619
31 Luca MARCONI Ongetta Team Aprilia 2.05,921
