A corrida teve início já com a pista molhada, cabendo a Lorenzo o papel de primeiro líder, seguido sempre de perto por Pedrosa. Enquanto estes dois batalhavam entre si pelo comando, começou-se a criar um ‘fosso’ para o grupo que lutava pelo terceiro lugar e que incluía Stoner, Stefan Bradl (LCR Honda MotoGP), Valentino Rossi (Ducati), que teve um excelente início de prova, e Andrea Dovizioso (Monster Yamaha Tech 3).
Ao cabo da décima volta, Pedrosa conseguiu finalmente passar para o comando da prova, começando a distanciar-se de Lorenzo, ao passo que Stoner também ele se ia distanciando dos seus perseguidores na terceira posição. E se nas primeiras voltas, apesar da pista molhada, nenhum dos pilotos havia tido quedas, o aumento de intensidade da chuva a partir da 11ª volta começou a provocar quedas, como as de Dovizioso, Ben Spies (Yamaha) Bradl e Crutchlow, entre outros. Bastante queixoso, Spies foi levado para o Centro Médico com suspeitas de lesões num ombro.
Lorenzo ainda passou por um enorme ‘susto’, ao conseguir evitar ‘in extremis’ uma queda no final da reta anterior à da meta, levando o piloto a pedir que a corrida fosse interrompida. O que atendendo às condições diluvianas que se abateram sobre o traçado de Sepang, foi feito de imediato, com as bandeiras vermelhas a serem mostradas com 15 das 20 voltas cumpridas.
Com o regresso dos pilotos às boxes, a direção de corrida ainda esperou pela melhoria das condições para recomeçar a corrida num formato de apenas sete voltas (regredindo a classificação para a da 13ª volta), mas o facto de a chuva ter continuado a cair de forma bastante intensa, levou a que tivesse sido dada por terminada a corrida. Desta forma, Pedrosa venceu, mas viu a sua tarefa no campeonato ficar dificultada pela segunda posição de Lorenzo, ao passo que Stoner foi terceiro. Nicky Hayden e Rossi ficaram nas duas posições seguintes, ao passo que Alvaro Bautista (San Carlo Honda Gresini) foi o sexto.
Com 50 pontos em disputa, Lorenzo dispõe de 23 de vantagem sobre Pedrosa, pelo que a tarefa deste último será bastante complicada se quiser arrebatar o título de Pilotos.
