O piloto da Yamaha bateu por escassa margem, 0,064s, o australiano Casey Stoner, que depois do triunfo na última prova, volta a surgir em muito boa forma no traçado malaio.
A diferença entre a Ducati de Stoner e as Yamaha de Lorenzo e Valentino Rossi nunca foi muito grande ao longo de toda a sessão, mas na fase final o espanhol e o australiano demonstraram alguma superioridade, deixando o terceiro mais veloz, que foi Dani Pedrosa, na sua Honda, a mais de meio segundo.
Rossi ficou com o quarto posto nos treinos, a 0,684s de Lorenzo, mas o piloto italiano parte para esta prova mais descansado, pois sabe que posição idêntica na corrida de domingo é suficiente para carimbar mais um título na categoria. Logo atrás ficou a outra Honda ofciial, a de Andrea Dovizioso, ao passo que Loris Capirossi colocou a Suzuki em sexto, na frente da Gresini Honda de Toni Elias e da outra Ducati de Nicky Hayden.
Aleix Espargaró estreou-se na Pramac Ducati com o último tempo, participando nesta prova em substituição de Niccolo Canepá, que caiu de forma violenta no último grande prémio da Austrália.
1 Jorge Lorenzo Yamaha 2.02,180s
2 Casey Stoner Ducati + 0.064s
3 Dani Pedrosa Honda + 0.578s
4 Valentino Rossi Yamaha + 0.684s
5 Andrea Dovizioso Honda + 0.962s
6 Loris Capirossi Suzuki + 1.073s
7 Toni Elias Gresini Honda + 1.114s
8 Nicky Hayden Ducati + 1.246s
9 Colin Edwards Tech 3 Yamaha + 1.559s
10 Chris Vermeulen Suzuki + 1.583s
11 Mika Kallio Pramac Ducati + 1.605s
12 Alex de Angelis Gresini Honda + 1.862s
13 Marco Melandri Hayate Kawasaki + 2.094s
14 Randy de Puniet LCR Honda + 2.484s
15 James Toseland Tech 3 Yamaha + 3.038s
16 Gabor Talmacsi Scot Honda + 3.109s
17 Aleix Espargaro Pramac Ducati + 3.156s
