Pedrosa rodou em 1.56,328s, deixando o seu companheiro de equipa uma vez mais no segundo posto, tendo sido o único outro piloto a quebrar a barreira do segundo ’57. Marco Simoncelli (San Carlo Honda Gresini Team) foi, também ele, o terceiro classificado nesta sessão, mostrando assim a competitividade das máquinas da Honda no circuito checo.
Jorge Lorenzo (Yamaha) ficou com o quarto posto, logo na frente de Andrea Dovizioso (Repsol Honda) e batendo Ben Spies (Yamaha) por 0,096s. Valentino Rossi (Ducati) conseguiu melhorar a prestação da manhã e subiu para o sétimo posto da geral, enquanto o companheiro de equipa Nicky Hayden ficou em 14º. Álvaro Bautista levou a sua Rizla Suzuki ao oitavo posto do dia, à frente de Cal Crutchlow, da Yamaha Tech 3, e do wild card da Rizla Suzuki, John Hopkins.
